Está em curso uma grande investigação contra a Compesa, que corre sob sigilo fiscal, a cerca dos repasses dos tributos municipais referentes ao período de janeiro de 2009 e janeiro 2014. A intenção da Prefeitura Municipal de Petrolina é apurar indícios de irregularidade na contabilidade da Companhia e saná-la.
A apuração é importante, pois os tributos arrecadados são todos comprometidos, 25% vai para educação, 15% para Saúde e 5% para a Câmara Municipal de Petrolina. A investigação está apurando se existe alguma discrepância, ou se está tudo dentro da legalidade.