Os dois maiores orçamento do governo, são também os principais focos de corrupção no país e responsáveis por cerca de 70% dos desvios de recursos públicos. Irregularidades em reformas de escolas e hospitais, verba de merenda, construção de quadra esportiva, compra de medicamentos, procedimentos do SUS, entre outros, estão entre os principais ralos dos desfalques dados no Erário. O levantamento é do Departamento de Patrimônio e Probidade da Advocacia Geral da União (AGU). O foco da corrupção está nos repassesde valores geralmente inferiores a R$100 mil, mais difíceis de serem identificados e, portanto, menos detectados pela fiscalização. No caso da Saúde, estão incluídas também obras de saneamento. Um fator que contribui para os desvios nos ministérios da Saúde e da Educação é o tamanho do orçamento das duas pastas. Os dois têm mais recursos que qualquer outro ministério (com exceção da Previdência, que incorpora os gastos com custeio no pagamento aos aposentados). No Orçamento de 2011, são R$77,15 bilhões para a Saúde e R$63,71 bilhões para a Educação. A falta de autonomia dos Conselhos Municipais de Saúde e Educação para fiscalizar as prefeituras é um grande impulsionador da corrupção.Relatório da CGU apontou que metade dos Conselhos está desestruturada ou não funciona adequadamente. Há menos de um mês, a presidente Dilma Rousseff fez um decreto para tentar frear as irregularidades na Saúde e na Educação. As medidas foram tomadas após recomendações de CGU, TCU e Ministério Público.
