O candidato inscrito no Sisu também pode fazer a inscrição no Programa Universidade para Todos (Prouni), desde que atenda aos critérios estabelecidos.Caso o candidato seja selecionado nos dois programas deverá optar pela bolsa do Prouni ou pela vaga do Sisu, pois é vedado ao estudante utilizar uma bolsa do programa e estar, simultaneamente, matriculado em instituição de ensino superior pública e gratuita.
Lembramos que a pré-seleção em qualquer das chamadas do Prouni assegura ao candidato apenas a expectativa de direito à bolsa, condicionando-se seu efetivo usufruto à regular participação e aprovação nas fases posteriores do processo seletivo, bem como à formação de turma no período letivo inicial do curso. Assim, o estudante pré-selecionado no Prouni somente deve solicitar o cancelamento da matrícula em instituição de ensino superior pública e gratuita após a assinatura do Termo de Concessão de Bolsa do Prouni.